La expedición, fuertemente armada, desciende a la superficie del LV-426 a través de una nave de desembarco, donde encuentra la colonia, aparentemente abandonada. Los únicos seres vivos que se encuentran son dos criaturas incubadas en un laboratorio, y una niña traumatizada apodada Newt (Carrie Henn). Los infantes de marina descubren que la mayoría de los colonos están incubando aliens en un nido de éstos. Cuando van al nido a investigar, los aliens los emboscan, matando a la mayor parte de la unidad, pero Ripley rescata a Hicks, Vásquez, y Hudson. Con Gorman inconsciente, Hicks asume el mando y ordena a la nave de desembarco recogerlos, con la intención de regresar a la Sulaco y destruir la colonia desde la órbita. Sin embargo, un alien se cuela en la nave de desembarco y acaba con los pilotos, causando que ésta choque contra la estación de procesamiento y el tanque APC, lo que obliga a los humanos a resguardarse dentro del complejo.
Ripley descubre que fue Burke quien ordenó investigar el abandono, cuando la tripulación de la nave espacial Nostromo desapareció. Ella amenaza con revelarlo, pero Bishop informa al grupo de una mayor amenaza: la estación de tratamiento de daños se ha vuelto inestable y pronto detonará con la fuerza de un arma termonuclear. Bishop se ofrece voluntario para llamar a otra nave de desembarco de la Sulaco. Ripley y Newt se durmieron en el laboratorio médico, y al despertar se encuentran encerrados en la habitación con los dos facehuggers liberados de sus tanques. Ripley es capaz de alertar a los infantes de marina, que las rescatan y matan a las criaturas. Ripley acusa a Burke de intentar pasar de contrabando embriones aliens implantados en el pasado en la Tierra durante su cuarentena, y de la planificación para matar al resto de los infantes de marina en hipersueño durante el viaje de regreso. La electricidad se corta de repente y hay un ataque de Aliens en masa a través del techo. Hudson, Burke, Gorman y Vásquez son asesinados.
Ripley va corriendo a salvar a Newt y consigue rescatarla , topándose con la Reina alien, que la ataca cuando destruye la mayoría de sus huevos. Cuando la Reina los va a alcanzar, Bishop los salva tripulando la segunda nave de desembarco. Aunque parece que escapan, la Reina se engancha a la nave de desembarco, escapando poco antes de la explosión termonuclear. Cuando vuelven a la Sulaco, Ripley lucha contra la Reina usando un robot cargador. Al final consigue expulsarla al espacio, aunque Bishop ha sido gravemente dañado por ella. Entonces se conectan al hipersueño y finaliza la película.
